WETTELIJK KADER
De natuur van de Amsterdamse Waterleidingduinen is wettelijk beschermd doordat het valt onder de Europese Habitatrichtlijn (Natura 2000). De Nederlandse duinen zijn Europees gezien uniek, en hebben daarom bijzondere bescherming. De Amsterdamse Waterleidingduinen maken deel uit van het Natura 2000-gebied 'Kennemerland Zuid', zijn onderdeel van het Natuurnetwerk Nederland, en natuurlijk geldt hier ook de Wet Natuurbescherming.
Meer info over natuurbeschermingswetten vóór de PAS.

DAGELIJKS BEHEER
In de dagelijkse praktijk is Waternet als beheerder van het duingebied verantwoordelijk voor beheer en bescherming van de natuur in de Amsterdamse Waterleidingduinen. Daartoe stelt Waternet beheervisies (pdf) en beheerplannen op, o.a. over Prunusbeheer, begrazing (pdf) en invasieve flora (pdf). Daarnaast voert Waternet grootschalige natuurherstelprojecten uit, o.a. LIFE+ (pdf) en Noordvoort.

MAATSCHAPPELIJKE GROEPEN
​Daarnaast zijn er maatschappelijke groeperingen die de ontwikkelingen in de Amsterdamse Waterleidingduinen kritisch volgen, zoals Stichting Duinbehoud, Stichting Natuurbelang, Herstel Inheems Duin, KNNV afdeling Haarlem, Vogelwerkgroep Zuid-Kennemerland en Noordwijk, en Faunabescherming. Sommige hiervan zetten zich actief in voor natuurbescherming in de Amsterdamse Waterleidingduinen.